分公司所得税缴纳方式主要有两种，一种是独立核算的分公司，在所在地自行缴纳；另一种是非独立核算的分公司，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。

要明确分公司是否独立核算。独立核算的分公司，具有完整的会计凭证、会计账簿和会计报表体系，能够独立核算盈亏。这种情况下，分公司作为独立的纳税主体，按照当地税收法规，在其所在地缴纳企业所得税。它需要自行计算应纳税所得额，依据适用税率计算并缴纳税款。

对于非独立核算的分公司，采用“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的征收管理办法。统一计算是指总机构统一计算包括分公司在内的全部应纳税所得额和应纳税额。分级管理则是总机构和分公司分别接受机构所在地主管税务机关的管理。就地预缴是指分公司按照规定的比例，在所在地预缴企业所得税。一般来说，分公司应分摊的预缴比例由总机构按照上年度分公司的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算确定。汇总清算是指年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳税所得额和应纳税额，抵减分公司就地预缴的企业所得税款后，多退少补。财政调库是指财政部定期将缴入中央国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。

在实际操作中，分公司要及时准确地向当地税务机关报送相关财务报表和纳税申报表，确保所得税缴纳的合规性。同时，总公司和分公司之间要做好信息沟通和数据共享，以便准确计算和缴纳企业所得税。

法律依据：

《中华人民共和国税收征收管理法》 第二十五条

纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。

扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。