加盟公司违约金的计算方式通常依据合同约定，若合同有明确规定，则按约定执行；若没有约定，可根据违约造成的实际损失来确定，同时要遵循公平和诚实信用原则。

在加盟关系中，违约金的计算是一个关键问题。合同约定具有重要地位。加盟合同是双方权利义务的重要依据，在签订加盟合同时，通常会对违约金的数额或计算方法作出明确约定。例如，合同可能规定一方违约时需支付固定金额的违约金，如五万元；或者按照加盟费用的一定比例来计算，比如加盟费用的20%。这种明确的约定为违约金的计算提供了直接的依据，当一方出现违约行为时，就按照合同所约定的方式来计算违约金。

然而，并非所有的加盟合同都会对违约金作出清晰的规定。在合同没有约定违约金的情况下，就需要根据违约行为所造成的实际损失来确定。实际损失包括直接损失和间接损失。直接损失是指因违约行为直接导致的财产减少，如为加盟投入的前期费用、因违约导致的货物积压损失等。间接损失则是指可得利益的损失，例如由于对方违约，导致加盟方失去了原本可以获得的利润。

在确定违约金时，还需要遵循公平和诚实信用原则。如果合同约定的违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当调整。当约定的违约金过分高于造成的损失时，违约方可以请求适当减少；当约定的违约金低于造成的损失时，守约方可以请求增加。此外，法院或仲裁机构在调整违约金时，会综合考虑各种因素，如违约的情节、双方的过错程度、合同的履行情况等。总之，加盟公司违约金的计算要综合考虑合同约定、实际损失以及公平原则等多方面因素。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五百八十五条

当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。