个人独资企业变更经营者开具清税证明，需先完成相关准备工作，然后前往主管税务机关提交资料办理，税务机关经过核查若认定企业不存在未结清事项，就会出具清税证明。

第一步：准备材料。一般来说，需要带上个人独资企业的营业执照正副本原件，经办人员的有效身份证件原件及复印件，如果有委托他人办理的情况，还需要提供授权委托书。此外，企业的税务登记证（三证合一之前办理的企业）、发票领购簿以及未使用完的空白发票等也需要一并准备好。

第二步：进行税务申报和缴纳。在申请清税证明之前，要确保个人独资企业已经完成了所有应纳税款的申报和缴纳工作。包括增值税、所得税、印花税等各类税种，并且补齐所有未申报的税费。如果存在欠税的情况，需要先到办税服务厅办理税款补缴，包括滞纳金和罚款等。

第三步：税务注销申请。携带准备好的材料前往企业主管税务机关的办税服务厅，提出清税证明开具申请，并填写《清税申报表》。税务机关会对企业提交的资料进行初步审核，查看资料是否齐全、填写是否规范等。

第四步：税务核查。税务机关会对企业的税务情况进行全面核查，这可能包括检查企业的账务、发票使用情况、纳税申报记录等。核查人员可能会要求企业提供相关的财务资料和经营情况说明，以确保企业不存在税务违法违规行为和未结清的税务事项。

第五步：领取清税证明。经过核查，如果税务机关确认企业已经结清所有税款、滞纳金、罚款等事项，没有税务遗留问题，就会为企业开具《清税证明》。企业可以凭借有效凭证到办税服务厅领取该证明。

法律依据：

《中华人民共和国个人独资企业法》 第十五条

个人独资企业存续期间登记事项发生变更的，应当在作出变更决定之日起的十五日内依法向登记机关申请办理变更登记。

第二条

本法所称个人独资企业，是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。