商家恶意投诉快递员，快递员可采取保留证据、向快递公司申诉、向邮政管理部门投诉、必要时通过法律途径解决等措施维护自身权益。

当商家恶意投诉快递员时，快递员要重视起来积极维护自己的合法权益。保留证据是关键。在日常工作中，快递员应养成良好的工作习惯，例如在取件、派件时，尽量使用快递车辆上的记录仪、手机等设备记录工作过程。如果商家以未按时送达为由投诉，快递员可以调出物流信息记录，证明自己按照规定时间进行了派送；若商家称快递物品损坏是快递员造成的，快递员可以提供物品收件时外观的照片或视频，以证明收件时物品的状态。

接着，快递员可以向所在的快递公司申诉。将自己收集到的证据提交给公司，详细说明事情的经过和商家恶意投诉的情况。快递公司通常会有专门的调查流程，会根据快递员提供的证据和实际情况进行核实。如果经过调查确认是商家恶意投诉，快递公司一般会撤销对快递员的处罚，并给予相应的澄清和支持。

如果快递公司的处理结果不能让快递员满意，快递员还可以向邮政管理部门投诉。邮政管理部门是快递行业的监管机构，有权力对快递企业和相关纠纷进行调查和处理。快递员可以通过拨打12305邮政业消费者申诉专用电话等方式，向邮政管理部门反映商家恶意投诉的问题，并提供相关证据。邮政管理部门会根据具体情况进行调查和调解，以保障快递员的合法权益。

在必要的情况下，快递员还可以考虑通过法律途径解决。如果商家的恶意投诉给快递员造成了严重的名誉损失、经济损失等，快递员可以咨询专业律师，收集相关证据，向人民法院提起诉讼，要求商家承担相应的法律责任，如赔礼道歉、赔偿损失等。

法律依据：

《中华人民共和国邮政法》 第六十五条

邮政企业和快递企业应当及时、妥善处理用户对服务质量提出的异议。用户对处理结果不满意的，可以向邮政管理部门申诉，邮政管理部门应当及时依法处理，并自接到申诉之日起三十日内作出答复。