普通合伙人当然退伙和除名退伙存在多方面区别，主要体现在退伙原因、退伙程序和退伙效力上。当然退伙通常是基于客观事实自动发生，无需其他合伙人决议；除名退伙则是因合伙人的主观过错，经其他合伙人决议将其强制退出。

从退伙原因来看。当然退伙是因为一些客观情况的出现而导致合伙人资格丧失。根据《中华人民共和国合伙企业法》规定，合伙人死亡或者被依法宣告死亡、个人丧失偿债能力、作为合伙人的法人或者其他组织依法被吊销营业执照、责令关闭、撤销，或者被宣告破产、法律规定或者合伙协议约定合伙人必须具有相关资格而丧失该资格、合伙人在合伙企业中的全部财产份额被人民法院强制执行等情形，合伙人当然退伙。这些情况大多是不以合伙人意志为转移的客观事件。而除名退伙是因为合伙人的主观过错行为。比如未履行出资义务、因故意或者重大过失给合伙企业造成损失、执行合伙事务时有不正当行为、发生合伙协议约定的事由等。这些行为体现了合伙人主观上的不当或违约。

在退伙程序方面。当然退伙自上述法定情形实际发生之日起自动生效，不需要经过其他合伙人的决议。一旦出现符合当然退伙的情形，合伙人的资格就自然消灭。而除名退伙需要经过一定的程序。其他合伙人应当书面通知被除名人，被除名人接到除名通知之日，除名生效，被除名人退伙。并且被除名人对除名决议有异议的，可以自接到除名通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

最后，关于退伙效力。当然退伙后，退伙人的财产份额一般按照合伙协议的约定或者经全体合伙人决定进行退还。而除名退伙中，如果合伙人的过错行为给合伙企业造成损失，还需要承担相应的赔偿责任。这也体现了对有过错合伙人的一种惩戒。综上所述，普通合伙人当然退伙和除名退伙在原因、程序和效力上都有明显的区别。

法律依据：

《中华人民共和国合伙企业法》 第四十九条

合伙人有下列情形之一的，经其他合伙人一致同意，可以决议将其除名：

（一）未履行出资义务；

（二）因故意或者重大过失给合伙企业造成损失；

（三）执行合伙事务时有不正当行为；

（四）发生合伙协议约定的事由。

对合伙人的除名决议应当书面通知被除名人。被除名人接到除名通知之日，除名生效，被除名人退伙。

被除名人对除名决议有异议的，可以自接到除名通知之日起三十日内，向人民法院起诉。