当遇到员工恶意举报领导的情况，可先进行调查核实，根据调查结果采取不同措施。若情况属实为恶意举报，可对该员工进行相应处分，同时安抚领导情绪并恢复其名誉；若涉及法律问题，可依法处理。

企业应建立起完善的调查机制。当接到员工对领导的举报时，不能盲目轻信，也不能置之不理。要成立专门的调查小组，小组成员应具备公正、客观的态度和一定的调查能力。调查小组需要全面收集相关证据，包括与举报内容相关的文件、记录，与涉事双方及其他可能了解情况的员工进行谈话等。

在调查过程中，要确保程序的公正性和透明度。对于举报的具体内容，要进行细致的分析和核实。如果经过调查发现举报是恶意的，没有任何事实依据，企业应根据公司的规章制度对该员工进行严肃处理。处分方式可以根据情节的严重程度而定，较轻的情况可以给予警告、批评教育，让其认识到自己的错误行为；情节严重的，如恶意举报给领导和企业带来了较大的负面影响，可考虑给予降职、辞退等处分。

同时，企业要重视对被恶意举报领导的安抚工作。领导可能因为无端的举报而承受心理压力，影响工作积极性。企业管理层应与领导进行沟通，表达对其的信任和支持，帮助其恢复信心。此外，还应采取措施恢复领导的名誉，例如在适当的范围内说明调查结果，澄清事实真相，消除其他员工可能存在的误解。

如果恶意举报行为涉及到侵犯领导的名誉权、隐私权等法律权益，领导可以通过法律途径维护自己的合法权益。企业也应积极配合领导的维权行动，提供必要的支持和协助。总之，企业要妥善处理员工恶意举报领导的问题，维护企业内部的正常秩序和良好氛围。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第二百四十三条

捏造事实诬告陷害他人，意图使他人受刑事追究，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。

国家机关工作人员犯前款罪的，从重处罚。

不是有意诬陷，而是错告，或者检举失实的，不适用前两款的规定。