执行案件还清款项后，一般可通过申请执行人向法院提交结案申请、法院依职权终结执行等方式结案。

当执行案件中的被执行人还清所有款项后，意味着执行目的已经达成，此时需要完成相应的结案程序。申请执行人方面，在确认被执行人已还清全部执行款项后，可主动向执行法院提交结案申请。申请中应明确说明被执行人已履行完毕生效法律文书确定的义务，请求法院对该执行案件进行结案处理。法院在收到申请后，会对相关情况进行审查核实，若情况属实，便会按照规定完成结案操作。

法院也可以依职权终结执行。在执行过程中，法院会对执行进展进行跟踪和监督。当发现被执行人已经全额还清款项，且执行案件已无其他需要继续执行的事项时，法院会主动启动结案程序。法院会对执行情况进行全面审查，包括核实还款的金额、方式、时间等是否与生效法律文书的要求相符。若审查无误，法院会制作相应的法律文书，如执行结案通知书等，正式宣告该执行案件结案。

另外，在结案后，法院通常会按照规定对案件的相关材料进行整理和归档。这些材料包括执行依据、执行过程中的各种法律文书、还款凭证等，会被妥善保存，以备后续查询和监督。同时，执行案件的结案信息也会在相关的司法系统中进行记录和更新，以确保信息的准确性和完整性。对于被执行人来说，执行案件结案后，其在该案件中的相关执行措施，如限制高消费、纳入失信被执行人名单等，也会按照规定及时解除，恢复其正常的信用和生活秩序。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第二百六十八条

有下列情形之一的，人民法院裁定终结执行：

（一）申请人撤销申请的；

（二）据以执行的法律文书被撤销的；

（三）作为被执行人的公民死亡，无遗产可供执行，又无义务承担人的；

（四）追索赡养费、扶养费、抚养费案件的权利人死亡的；

（五）作为被执行人的公民因生活困难无力偿还借款，无收入来源，又丧失劳动能力的；

（六）人民法院认为应当终结执行的其他情形。