有限公司回购股东股权需要遵循法定程序，妥善处理好各个环节以保障各方权益。一般要先明确回购情形，再按规定进行决议、通知债权人、变更登记等操作，同时要合理确定股权价格，签订规范的回购协议。

要明确有限公司回购股东股权的法定情形。根据《公司法》规定，有以下几种情形公司可以回购股权：一是公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；二是公司合并、分立、转让主要财产的；三是公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。当出现这些情形时，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权。

在确定符合回购情形后，公司应召开股东会进行决议。股东会需对回购股权的相关事宜，如回购的数量、价格、资金来源等进行讨论和表决。决议应当符合公司章程和《公司法》规定的表决程序，确保决议的合法性和有效性。

接着，公司要与拟被回购股权的股东进行沟通协商，确定合理的股权价格。股权价格的确定可以参考公司的净资产、市场估值等因素。如果双方无法就价格达成一致，股东可以向人民法院提起诉讼，由法院来确定合理的价格。

达成回购协议后，公司应按照协议支付相应的款项给股东。同时，公司要按照《公司法》的规定通知债权人，并进行公告。因为公司回购股权可能会影响公司的偿债能力，通知债权人可以保障其合法权益。

最后，完成上述步骤后，公司要及时办理股权变更登记手续。向公司登记机关提交相关文件，包括股东会决议、回购协议、变更登记申请书等，将股东的姓名或者名称及出资额进行变更登记，以确认股权回购的最终完成。通过以上一系列规范的操作，才能处理好有限公司回购股东股权的事宜。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第七十四条

有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：

（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；

（二）公司合并、分立、转让主要财产的；

（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。

自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。