检察院在刑事案件侦查阶段的办案流程主要包括受理案件线索、初查、立案、侦查实施、侦查终结等环节。

首先是受理案件线索。检察院会通过多种途径获取刑事案件线索，例如单位和个人的报案、控告、举报，犯罪人的自首，以及上级机关交办、其他机关移送等。这些线索来源广泛，为检察院开展侦查工作提供了基础。

接着是初查。对于受理的案件线索，检察院需要进行初步审查和调查，以判断是否有犯罪事实需要追究刑事责任。初查的方式包括询问、查询、勘验、鉴定等不限制被查对象人身、财产权利的措施。通过初查，检察院可以筛选出有价值的线索，确定是否应当立案。

如果初查后认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的案件，检察院会作出立案决定。立案是刑事诉讼的重要开端，标志着侦查活动正式启动。

进入侦查实施阶段，检察院会采取一系列侦查措施。这包括讯问犯罪嫌疑人，通过面对面的交流，获取其供述和辩解；询问证人、被害人，了解案件相关情况；进行勘验、检查，对与犯罪有关的场所、物品、人身等进行勘查和检验；搜查犯罪嫌疑人的住所、工作场所等可能隐藏证据的地方；扣押物证、书证，收集能够证明案件事实的物品和文件；查询、冻结犯罪嫌疑人的存款、汇款、债券、股票、基金份额等财产，防止其转移资产；进行鉴定，聘请专业人员对案件中的专门性问题进行鉴别和判断，如法医鉴定、物证鉴定等。

在侦查过程中，检察院还需要保障犯罪嫌疑人的合法权益，遵守法定程序，确保侦查活动的合法性和公正性。如果发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并通知原批准逮捕的人民检察院。

最后是侦查终结。当侦查工作达到一定程度，认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，足以认定犯罪嫌疑人是否犯罪和应否对其追究刑事责任时，侦查即告终结。侦查终结后，检察院会根据不同情况作出相应处理。对于犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，会制作起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民法院审查决定；对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定；对于没有犯罪事实，或者有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一的，应当作出不起诉决定。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百六十五条

人民检察院直接受理的案件中符合本法第八十一条、第八十二条第四项、第五项规定情形，需要逮捕、拘留犯罪嫌疑人的，由人民检察院作出决定，由公安机关执行。

第一百六十六条

人民检察院对直接受理的案件中被拘留的人，应当在拘留后的二十四小时以内进行讯问。在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。