婚内出轨生子办理出生证明和正常婚内生子女办理流程大致相同，需在孩子出生的医院申请，提供相关材料，一般包括父母双方的身份证等，医院会根据分娩记录等信息为孩子出具出生证明。但可能因各地政策和实际情况存在一定差异。

出生证明是依据《中华人民共和国母婴保健法》出具的，证明婴儿出生状态、血亲关系以及申报国籍、户籍取得公民身份的法定医学证明。婚内出轨生子在办理出生证明上从法律规定的流程来说和正常婚内生子女并无本质区别。

通常情况下，在孩子出生后，孩子父母需要在孩子出生的医疗机构申请办理出生证明。一般需要提供父母双方的有效身份证件，如居民身份证等。医院会根据产妇的分娩记录、病历等资料，准确填写孩子的出生信息，包括孩子的姓名、性别、出生时间、出生地点等，同时记录父母双方的姓名、身份证号等信息。

不过，在实际操作中可能会遇到一些特殊情况。比如，如果一方不愿意配合提供相关证件信息，可能会给办理出生证明带来一定阻碍。这种情况下，医院可能会要求提供其他能够证明亲子关系的材料，例如亲子鉴定报告等。此外，有些地方可能会要求提供结婚证，但这并非普遍要求，因为出生证明主要是基于孩子的出生事实来开具的，而不是基于父母的婚姻状况。

如果在办理出生证明过程中遇到困难，比如医院以各种不合理理由拒绝办理等情况，当事人可以向当地卫生健康行政部门反映，以维护自己的合法权益，确保孩子能够顺利取得出生证明，从而为后续的户口登记等事宜做好准备。

法律依据：

《中华人民共和国户口登记条例》 第十七条

户口登记的内容需要变更或者更正的时候，由户主或者本人向户口登记机关申报；户口登记机关审查属实后予以变更或者更正。户口登记机关认为必要的时候，可以向申请人索取有关变更或者更正的证明。

《中华人民共和国户口登记条例》 第七条

婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。

弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。