法院对于小产权房以房抵债的认定需综合多方面因素，一般会审查抵债协议的真实性、合法性，以及是否存在损害他人合法权益等情况。若抵债协议是双方真实意思表示，不违反法律强制性规定，可能认可其效力，但小产权房因产权问题，在执行等方面存在特殊处理方式。

关于抵债协议的效力审查。法院首先会审查以房抵债协议是否是双方真实的意思表示。如果存在一方欺诈、胁迫另一方签订协议的情况，那么该协议可能会被认定为可撤销。例如，债权人以威胁债务人及其家人人身安全的方式，迫使债务人签订以小产权房抵债的协议，这种情况下债务人可以在法定期间内请求法院撤销该协议。同时，协议内容不能违反法律、行政法规的强制性规定。小产权房本身的建设可能存在未取得合法审批手续等问题，如果以房抵债协议涉及规避法律监管等违法情形，法院可能认定协议无效。

小产权房的产权性质影响。小产权房通常没有完整的产权证书，其交易受到一定限制。法院在认定以房抵债时，会考虑到小产权房的特殊性质。虽然小产权房不能像合法的商品房那样自由流转，但如果该房屋是债务人的合法财产，并且抵债协议符合法律规定，法院可能会认可债权人对该房屋的占有、使用等权益。不过，法院一般不会直接对小产权房的所有权进行确权，因为其产权归属存在不确定性，且缺乏合法的登记手续。

对第三方权益的考量。法院还会审查以房抵债是否损害了其他债权人的合法权益。如果债务人在有多个债权人的情况下，与其中一个债权人签订以房抵债协议，从而导致其他债权人的债权无法实现，其他债权人可以向法院主张撤销该抵债行为。例如，债务人在面临众多债务时，将唯一的小产权房低价抵给某一债权人，使得其他债权人的债权无法得到清偿，这种情况下其他债权人有权通过法律途径维护自己的权益。

执行方面的特殊处理。即使法院认定以房抵债协议有效，在执行过程中也会面临一些特殊情况。由于小产权房无法进行正常的过户登记，法院可能会采取变通的执行方式，如裁定房屋的占有、使用权益归债权人等。同时，法院在执行小产权房时，也需要考虑到当地的政策和实际情况，确保执行行为的合法性和可行性。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第四百一十条

债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，抵押权人可以与抵押人协议以抵押财产折价或者以拍卖、变卖该抵押财产所得的价款优先受偿。协议损害其他债权人利益的，其他债权人可以请求人民法院撤销该协议。抵押权人与抵押人未就抵押权实现方式达成协议的，抵押权人可以请求人民法院拍卖、变卖抵押财产。抵押财产折价或者变卖的，应当参照市场价格。