男方正在坐牢，离婚时两个孩子一般会判给女方抚养。

在夫妻离婚确定子女抚养权归属时，法院通常会从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。

对于男方正在坐牢这种情况，男方显然不具备直接抚养孩子的条件。坐牢意味着男方人身自由受到限制，无法正常陪伴孩子成长，不能给予孩子日常生活的照料、教育和情感支持等。而孩子的成长需要稳定的生活环境、持续的关爱和教育引导，这些都是在男方坐牢期间难以实现的。

从法律规定来看，《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编及相关司法解释都强调了保障未成年子女权益和有利于其成长的原则。在这种男方客观上无法履行抚养义务的情形下，女方如果具备抚养能力和条件，法院大概率会将两个孩子的抚养权判给女方。

不过，也存在一些特殊情况。如果女方存在不适合抚养孩子的情形，比如患有严重疾病、有虐待孩子等不良行为、没有稳定的经济收入无法为孩子提供基本生活保障等，法院可能会综合考虑其他有抚养意愿和能力的近亲属来抚养孩子，比如孩子的祖父母或外祖父母等。但这种情况相对较少，并且需要有充分的证据证明女方不适合抚养。

此外，如果孩子已经年满八周岁，法院在判决抚养权时会尊重孩子的真实意愿。如果孩子明确表示不愿意跟随女方生活，且有其他合适的抚养人选，法院也会在判决时予以考虑。总之，法院的判决核心目的是保障孩子的最大利益。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。