肇事者付不起医药费，法院会根据具体情况进行处理，可能会先进行调解，若调解不成则依法判决。判决后若肇事者仍无力支付，受害者可申请强制执行，法院会查询其财产情况，有财产可供执行时采取相应执行措施；若确实无财产可供执行，法院可能会裁定终结本次执行程序，待其有财产时恢复执行。

在交通事故等侵权案件中，当肇事者付不起医药费时，法院通常会按以下流程处理。首先是诉讼阶段，受害者或其家属会向法院提起民事诉讼，要求肇事者承担赔偿责任。法院受理案件后，一般会先尝试进行调解。调解的目的是促使双方达成一个都能接受的解决方案，比如分期支付医药费等方式。在调解过程中，法院会综合考虑肇事者的经济状况和受害者的实际需求。

如果调解不成，法院会依法进行审理并作出判决。法院会依据相关法律法规，结合案件的具体事实，确定肇事者应承担的赔偿金额。判决生效后，若肇事者依然无力支付医药费，受害者可以向法院申请强制执行。法院在受理强制执行申请后，会依法查询肇事者名下的房产、车辆、银行存款等财产情况。

若肇事者有财产可供执行，法院会采取相应的执行措施，如查封、扣押、冻结其财产，拍卖财产以支付医药费。然而，如果经过调查发现肇事者确实没有财产可供执行，法院可能会裁定终结本次执行程序。这并不意味着受害者的权益无法实现，只是暂时无法执行。一旦发现肇事者有可供执行的财产，受害者可以随时向法院申请恢复执行。此外，在一些情况下，如果肇事者购买了相关保险，保险公司会在保险责任范围内承担赔偿责任，这也能在一定程度上缓解受害者的经济压力。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第二百四十七条

发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。

调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。