用工主体责任一般由劳动行政部门、劳动争议仲裁委员会或人民法院确认。
在实际的劳动法律关系中，用工主体责任的确认是一个较为复杂的问题，不同的主体在不同的情形下发挥着确认作用。
首先是劳动行政部门。劳动行政部门在劳动监察过程中，有权对用人单位的用工情况进行监督检查。当劳动者向劳动行政部门投诉用人单位存在用工主体责任方面的问题时，劳动行政部门会展开调查。例如，在查处非法用工、未签订劳动合同等违法行为时，劳动行政部门会根据相关法律法规，对用工主体责任进行认定。其依据的法律法规主要有《劳动法》《劳动合同法》以及《劳动保障监察条例》等。劳动行政部门凭借其行政职权，能够对用人单位的违法行为进行纠正和处罚，从而明确用工主体应承担的责任。
其次是劳动争议仲裁委员会。当劳动者与用人单位就用工主体责任产生争议时，双方可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会会根据双方提供的证据和相关法律规定进行审理。在一些建筑工程领域，存在层层转包、分包的情况，劳动者可能不清楚真正的用工主体是谁。此时，劳动者可以通过仲裁程序，由仲裁委员会根据事实和法律，确定承担用工主体责任的一方。仲裁委员会的裁决具有法律效力，双方当事人应当履行。
最后是人民法院。如果当事人对劳动争议仲裁委员会的裁决不服，可以向人民法院提起诉讼。人民法院在审理劳动争议案件时，会对用工主体责任进行全面审查。人民法院会依据更严格的证据规则和法律适用标准，作出公正的判决。其判决具有最终的法律效力，能够切实保障劳动者的合法权益，确保用工主体依法承担相应的责任。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
