分居两年离婚时小孩的判决需综合多方面因素，以最有利于未成年子女为原则。一般会考虑孩子年龄、父母双方的抚养能力和条件、孩子的意愿等，并非仅依据分居两年这一情况。

在司法实践中，对于分居两年离婚时小孩抚养权的判决，有着明确的法律规定和考量因素。

孩子的年龄是一个重要考量。根据法律规定，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。这是因为这个阶段的孩子对母亲的依赖度较高，母亲的照顾通常更有利于孩子的成长。例如，哺乳期的孩子需要母亲的母乳喂养和更细致的照料。

已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。这里的具体情况包括父母双方的抚养能力和抚养条件等。抚养能力主要体现在经济收入、工作稳定性等方面。比如，一方有稳定且较高的收入，能够为孩子提供良好的生活和教育条件，这在争取抚养权时是一个优势。抚养条件则涉及居住环境、教育资源等。如果一方居住的地方周边有优质的学校和医疗资源，这对孩子的成长会更有利。

子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。因为这个年龄段的孩子已经有了一定的认知和判断能力，能够表达自己更愿意和哪一方生活。在实际判决中，法院会通过适当的方式询问孩子的意见。

此外，除了上述主要因素外，父母双方的品德、是否有不良嗜好等也会纳入考量范围。如果一方存在赌博、吸毒等不良行为，这显然不利于孩子的身心健康成长，法院在判决时会倾向于将抚养权判给另一方。总之，法院在判决孩子抚养权时，会全面、综合地考虑各种因素，以保障孩子能够在一个健康、稳定的环境中成长。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。