当主合同和补充协议冲突时，一般以补充协议为准。

补充协议是对主合同中未明确事宜或需要变更内容的进一步约定。从合同的订立逻辑和法律适用原则来看，通常会以补充协议的约定优先。这是因为补充协议的订立目的就是为了对主合同中的相关条款进行补充、修改或调整。在时间顺序上，补充协议往往是在主合同之后签订的，它反映了合同双方在后续阶段基于新的情况、新的考虑所达成的新共识。

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。补充协议本质上就是对主合同的一种变更形式。只要补充协议是双方真实意思的表示，且内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么它就具有法律效力，并且在与主合同冲突的情况下，优先适用补充协议的约定。

不过，也存在一些特殊情况。如果补充协议的签订存在效力瑕疵，比如一方以欺诈、胁迫的手段订立补充协议，损害国家利益；或者补充协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定等，那么该补充协议可能会被认定为无效。在这种情况下，就不能以补充协议为准，而仍然要依据主合同的相关约定来处理。

此外，如果补充协议明确约定仅对主合同的部分条款进行补充，未涉及冲突条款的处理方式，且从合同整体目的、交易习惯等方面综合判断，主合同的相关条款更符合双方的真实意图，那么在特定情形下也可能会根据具体情况来确定适用主合同的条款。但总体而言，在补充协议合法有效的前提下，以补充协议为准是较为常见和合理的处理方式。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五百一十条

合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。