房屋预售违法所得的计算通常是以违法销售房屋所获得的全部收入扣除其直接用于建设该房屋的成本及相关合理费用后的余额来确定。

在房地产领域，房屋预售需要满足一定的条件和取得相关许可。当开发商在不具备合法预售条件下进行房屋预售，就涉及违法预售行为，其违法所得的计算有相应的规则。明确违法销售房屋所获得的全部收入。这包括购房者支付的购房款、定金、预付款等各种与房屋预售相关的款项。这些款项是直接从购房者处获得的资金流入。

关于扣除的部分。直接用于建设该房屋的成本是其中重要的一项。这涵盖了土地出让金、建筑材料费用、施工人员工资、建筑设备的租赁或购置费用等。这些成本是在房屋建设过程中实际发生的、与该房屋直接相关的支出。相关合理费用也需要扣除。合理费用包括与房屋建设和销售直接相关的一些费用，例如设计费用、监理费用、销售过程中的广告宣传费用等。这些费用虽然不是建设房屋的直接成本，但对于房屋的建设和销售起到了辅助作用，且是合理发生的，应当在计算违法所得时予以扣除。

例如，开发商违法预售房屋获得了 5000 万元的收入，建设该房屋的直接成本为 3000 万元，相关合理费用为 500 万元，那么违法所得就是 5000-3000-500 = 1500 万元。需要注意的是，在实际计算过程中，各项数据的认定和核算需要依据准确的财务记录和相关凭证。同时，不同地区可能会根据当地的政策和实际情况，在计算违法所得时存在一些细微的差异，但总体原则是扣除合理成本和费用后确定违法所得。相关部门在查处房屋预售违法行为时，会严格按照规定和程序进行核算，以确保计算结果的准确性和公正性。

法律依据：

《城市商品房预售管理办法》 第五条

商品房预售应当符合下列条件：

（一）已交付全部土地使用权出让金，取得土地使用权证书；

（二）持有建设工程规划许可证和施工许可证；

（三）按提供预售的商品房计算，投入开发建设的资金达到工程建设总投资的25%以上，并已经确定施工进度和竣工交付日期。

第六条

商品房预售实行许可制度。开发企业进行商品房预售，应当向房地产管理部门申请预售许可，取得《商品房预售许可证》。未取得《商品房预售许可证》的，不得进行商品房预售。