房屋所有权证和不动产证主要在证件内容、费用、版本、办理流程等方面存在区别。

证件内容方面，房屋所有权证的内容仅包含房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况。而不动产证上除了权利人、共有情况、坐落位置等原来房产证内容外，还增加了镭射区、不动产单元号、使用期限等内容。不动产单元号具有唯一代码，相当于证书记录的不动产在全国范围内唯一的“身份证号”，通过不动产单元号就可以锁定该不动产信息。

费用方面，办理房屋所有权证时，一般需要按照土地面积、房产面积分别进行两次测绘、缴纳两次测绘费用，缴纳两次制证成本费。而不动产证测绘只要一次就行，制证的成本费也收一次。

版本方面，房屋所有权证只有一个版本，而不动产证有两个版本，包括单一版和集成版。单一版证书记载一个不动产单元上的不动产权利，而集成版证书记载同一权利人在同一登记辖区内享有的多个不动产单元上的不动产权利。

办理流程方面，办理房屋所有权证涉及多个部门，购房者需要在多个部门之间来回奔波。而不动产证的办理则实现了多部门的业务整合，在一个窗口就可以完成所有手续的办理，大大节省了时间和精力。

随着不动产统一登记制度的推进，不动产证逐渐取代房屋所有权证成为房屋产权的主要凭证，但已经颁发的房屋所有权证仍然具有法律效力，不需要强制更换为不动产证。

法律依据：

《不动产登记暂行条例》 第四条

国家实行不动产统一登记制度。不动产登记遵循严格管理、稳定连续、方便群众的原则。不动产权利人已经依法享有的不动产权利，不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。

《中华人民共和国土地管理法》 第十二条

土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。

《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条

国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。