债权债务抵消是否缴纳增值税需要根据具体情况判断。如果债权债务抵消涉及的业务属于增值税应税行为，且满足增值税纳税条件，那么就需要缴纳增值税；若不涉及增值税应税行为，则无需缴纳增值税。

首先要明确增值税的征收范围。增值税是对在我国境内销售货物或者加工、修理修配劳务，销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人征收的一种流转税。也就是说，只有发生了上述增值税应税行为，才会产生缴纳增值税的义务。

当债权债务抵消是基于单纯的资金往来，不涉及货物销售、劳务提供、服务等增值税应税项目时，通常不需要缴纳增值税。例如，A公司和B公司之间存在相互的借款，双方协商将债权债务进行抵消，这种单纯的资金借贷关系的抵消，并没有发生增值税应税行为，所以不涉及增值税缴纳问题。

然而，如果债权债务抵消是因为销售货物、提供劳务等增值税应税业务产生的。比如，甲企业向乙企业销售了一批货物，形成了乙企业对甲企业的债务；同时，乙企业又为甲企业提供了运输服务，甲企业对乙企业也有债务。双方经过协商进行债权债务抵消。在这种情况下，甲企业销售货物和乙企业提供运输服务都属于增值税应税行为。甲企业销售货物需要按照规定计算缴纳增值税，乙企业提供运输服务同样要缴纳增值税，不能因为债权债务抵消而免除增值税纳税义务。

此外，在判断是否缴纳增值税时，还需要遵循相关税收法律法规和政策的具体规定。企业应准确核算业务的性质和金额，按照税法要求进行税务处理。如果对债权债务抵消是否缴纳增值税存在疑问，建议咨询专业的税务机关或税务顾问，以确保税务处理的合规性。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五百六十八条

当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。

当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。

第五百六十九条

当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销。