离婚时怀孕，孩子出生后生物学意义上的父母仍是其法定父母，通常孩子的抚养权归属需根据后续情况确定，一般两周岁以内孩子以母亲直接抚养为原则。

从法律层面来看，孩子的生物学父母是确定的。即便夫妻已经离婚，但怀孕所生育的孩子与父母之间的血缘关系不会因离婚这一行为而改变。父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

在孩子出生后，关于抚养权的问题，根据《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的相关规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。这是因为两周岁以内的孩子在生理和心理上对母亲的依赖更为明显，母亲的照顾通常更有利于孩子的健康成长。所以在大多数情况下，离婚时怀孕生育的孩子在两周岁以内会由母亲直接抚养。

然而，如果母亲存在一些特殊情况，例如患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活等情形，父亲请求直接抚养的，人民法院也可能会支持父亲获得孩子的抚养权。

当孩子年满两周岁后，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。这时候法院会综合考虑父母双方的经济状况、生活环境、个人品德等多方面因素，以确定哪一方抚养孩子更有利于孩子的成长。

如果孩子已满八周岁，应当尊重其真实意愿。因为八周岁的孩子已经具备了一定的认知和判断能力，其意愿在抚养权的判定中会起到重要的参考作用。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。