加盟店甲方违约跑路，处理时可先收集证据，再尝试与甲方沟通协商，若协商无果，可向相关部门投诉，最后考虑通过法律途径维护权益。

当加盟店甲方违约跑路，这是一种严重损害加盟方权益的行为，需要采取一系列合理有效的措施来处理。

要做好证据收集工作。这是后续处理问题的关键基础。收集与加盟相关的所有文件，包括加盟合同，合同中会明确双方的权利和义务，是判断甲方是否违约的重要依据；付款凭证，如转账记录、收据等，这些能证明加盟方已经按照合同履行了付款义务；沟通记录，如邮件、微信聊天记录、电话录音等，其中可能包含甲方承诺但未履行的内容，或者能体现甲方违约意图的信息。

接着，可以尝试与甲方进行沟通协商。虽然甲方跑路，但仍可通过多种方式尝试联系，如拨打其预留的电话号码、发送短信或邮件等。在沟通时，要明确指出甲方的违约行为，并要求其承担相应的责任，如退还加盟费、赔偿损失等。同时，要注意保留沟通的记录，以备后续使用。

如果与甲方沟通协商无果，可向相关部门进行投诉。例如，向当地的商务主管部门投诉，他们对加盟行业有一定的监管职责，可能会介入调查并协助解决问题；也可以向消费者协会投诉，消费者协会可以为加盟方提供咨询和帮助，协调双方的纠纷。

最后，若上述方法都无法解决问题，就需要考虑通过法律途径来维护权益。可以聘请专业的律师，向法院提起诉讼。律师会根据收集到的证据，为加盟方制定合理的诉讼策略。在诉讼过程中，要积极配合律师的工作，提供必要的协助。法院会根据事实和法律作出判决，如果判决加盟方胜诉，可通过强制执行程序要求甲方履行判决，赔偿加盟方的损失。

总之，加盟店甲方违约跑路后，要保持冷静，按照合理的步骤处理，以最大程度地减少损失，维护自己的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第一百二十二条

起诉必须符合下列条件：

（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

（二）有明确的被告；

（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；

（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

第一百二十六条

人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百二十二条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。