协议离婚后房产证除名，通常要先确保离婚协议书已生效且对房产归属有明确约定，然后准备好相关材料，接着到当地房产交易中心办理变更手续，最后根据要求缴纳费用并领取新房产证。

协议离婚后房产证除名的基础是离婚协议书具有法律效力，且其中明确了房产归一方所有，另一方需要进行除名操作。离婚协议书在办理离婚登记后生效，它是办理房产证除名的重要依据。

需要准备一系列的材料。主要包括身份证、离婚证、离婚协议书（需加盖民政部门公章或民政档案部门印章）、房产证、契税证等。这些材料是办理除名手续必不可少的，务必提前准备齐全，并且要保证材料的真实性和有效性。

然后，前往当地的房产交易中心办理变更手续。到达房产交易中心后，要取号排队等待办理。在办理过程中，工作人员会对提交的材料进行审核，查看材料是否完整、信息是否准确等。如果材料存在问题，可能需要重新补充或修改。

在审核通过后，根据不同情况可能需要缴纳一定的费用。一般来说，由于是离婚析产，可能涉及的费用主要是工本费等小额费用。具体的费用标准可以咨询当地的房产交易中心。

最后，缴纳费用后，按照房产交易中心告知的时间领取新的房产证。新的房产证上将不再有被除名方的名字，完成整个房产证除名流程。需要注意的是，不同地区的房产交易中心在具体的办理流程和要求上可能会存在一定的差异，在办理之前最好先通过电话或其他方式咨询清楚，以确保顺利完成房产证除名手续。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第二百一十条

不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。

国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。

第二百一十一条

当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。