机动车驾驶证被扣期间不能申请补发。

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，机动车驾驶证遗失的，机动车驾驶人可以向机动车驾驶证核发地或者核发地以外的车辆管理所申请补发。但明确规定了，机动车驾驶人补领机动车驾驶证后，原机动车驾驶证作废，不得继续使用。而驾驶证被扣，意味着该驾驶证处于被依法暂扣的状态，并非遗失情况。

若在驾驶证被依法扣押、扣留或者暂扣期间，采用隐瞒、欺骗手段补领机动车驾驶证的，会面临严重的后果。按照规定，由公安机关交通管理部门收回补领的机动车驾驶证，并且会对当事人处二百元以上五百元以下罚款。

驾驶证被扣通常是因为驾驶人存在违反交通法规等行为，执法部门依法采取的措施。在这种情况下，驾驶人应该积极配合执法，按照规定的流程和要求处理相关的交通违法事宜，等待暂扣期满后再取回驾驶证。

申请补发驾驶证是为了应对驾驶证真正遗失、损毁等无法正常使用的情况而设置的制度，其目的是保障驾驶人在合理情况下能够继续合法驾驶。而驾驶证被扣期间申请补发，是不符合该制度设立初衷的，也违反了相关的管理规定。所以，机动车驾驶证被扣期间不能申请补发，驾驶人应当遵守法律法规，正确处理驾驶证暂扣的相关问题。

法律依据：

《机动车驾驶证申领和使用规定》 第六十九条

机动车驾驶证遗失的，机动车驾驶人应当向机动车驾驶证核发地或者核发地以外的车辆管理所申请补发。申请时应当确认申请信息，并提交机动车驾驶人的身份证明。符合规定的，车辆管理所应当在一日内补发机动车驾驶证。

机动车驾驶人补领机动车驾驶证后，原机动车驾驶证作废，不得继续使用。

机动车驾驶证被依法扣押、扣留或者暂扣期间，机动车驾驶人不得申请补发。