公司诈骗员工不知情却被逮捕，可能是由于警方初步调查时掌握的证据使员工存在重大嫌疑，且在证据收集和判断过程中，难以短时间确定员工是否真不知情，为避免犯罪嫌疑人逃脱、毁灭证据等情况，会依据法律规定采取逮捕措施。后续会根据进一步侦查结果确定是否继续羁押。

一、侦查初期证据判断的局限性在公司诈骗案件侦查初期，警方主要依据所收集到的证据来判断犯罪嫌疑人。员工在公司的日常工作行为，可能在表面上与诈骗活动存在关联。例如，员工可能参与了一些业务流程，如发送诈骗相关的宣传资料、接听客户咨询电话等。这些行为从外部证据看，会让警方认为该员工有参与诈骗的嫌疑。而要准确判断员工是否知情，需要深入调查员工的主观认知、工作内容的真实性质等多方面情况，这在侦查初期很难迅速完成。二、保障侦查顺利进行逮捕作为一种刑事强制措施，其目的之一是保障刑事诉讼的顺利进行。即使员工声称不知情，但在案件侦查阶段，如果不采取逮捕措施，可能存在员工与其他嫌疑人串供、毁灭证据等风险。为了防止这些情况发生，警方会依据《刑事诉讼法》的相关规定，对有犯罪嫌疑的员工采取逮捕措施。例如，员工可能会受到公司其他涉案人员的影响，改变自己的陈述，从而干扰案件的侦查。三、后续侦查会进一步甄别逮捕并不意味着员工最终会被认定有罪。在逮捕后的侦查过程中，警方会进一步收集证据，全面调查员工在公司的工作情况、是否了解公司诈骗的事实等。如果经过深入调查，有充分证据证明员工确实不知情，没有参与诈骗犯罪，那么根据法律规定，会及时解除对员工的逮捕措施。例如，员工能够提供证据证明自己只是按照公司的正常工作安排进行操作，对诈骗行为毫不知情，且其工作内容本身不具有违法性，那么就可能会被释放。公司诈骗员工不知情却被逮捕是侦查过程中的一种阶段性措施，最终的处理结果会依据全面的证据和法律规定来确定。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第二百六十六条

诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。本法另有规定的，依照规定。