怀孕期间协议离婚，孩子出生后需办理出生证明、户口登记等手续，若涉及抚养权及抚养费等问题，按离婚协议执行。

孩子出生后，医院会为其办理出生医学证明。这是婴儿的有效法律凭证，是申报国籍、户籍，取得公民身份号码的法定医学证明。办理时，需要提供父母双方的身份证等相关材料，医院会根据分娩记录等准确填写婴儿的姓名、性别、出生日期等信息。

关于户口登记。父母可携带婴儿的出生医学证明、父母的户口簿、身份证、结婚证等材料到父亲或母亲常住户口所在地的户口登记机关申报出生登记。如果离婚协议中明确了孩子的抚养权归属，通常孩子会跟随获得抚养权一方落户。

若离婚协议中对孩子的抚养权有明确约定，双方应按照协议履行。获得抚养权的一方承担直接抚养孩子的责任，另一方则有探视孩子的权利。同时，不直接抚养孩子的一方需按照协议支付抚养费。抚养费的支付方式、金额和期限等都应严格按照离婚协议执行。如果在后续过程中，出现一方不履行协议的情况，另一方可以通过协商解决，若协商不成，可以向人民法院提起诉讼，要求对方履行协议。

另外，孩子在成长过程中还会涉及教育、医疗等诸多方面的问题。双方应从有利于孩子健康成长的角度出发，共同协商解决这些问题。如果出现原离婚协议未涉及的重大事项，如孩子突发重大疾病需要高额医疗费用等，双方也应本着对孩子负责的态度，共同承担相应的责任。

法律依据：

《中华人民共和国户口登记条例》 第七条

婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。

弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。

《中华人民共和国母婴保健法》 第二十三条

医疗保健机构和从事家庭接生的人员按照国务院卫生行政部门的规定，出具统一制发的新生儿出生医学证明；有产妇和婴儿死亡以及新生儿出生缺陷情况的，应当向卫生行政部门报告。