个体工商户清税注销流程主要包括准备材料、申请清税、税务部门审核、完成税务注销，最后进行工商注销登记。

要做好准备工作。个体工商户需要准备一系列必要的材料，这其中包括营业执照正副本原件，如果有税务登记证的话，还需要税务登记证正副本。此外，经营者的身份证原件及复印件也是必不可少的。同时，要确保已经结清所有应纳税款、滞纳金和罚款，并且整理好经营期间的财务报表、发票等税务相关资料。

接着是申请清税。个体工商户可以选择线上或线下的方式申请清税。线上申请的话，可以登录当地税务部门的电子税务局，在相关业务模块中找到清税注销申请入口，按照系统提示填写申请信息，并上传准备好的材料。线下申请则需要前往当地的办税服务厅，领取清税注销申请表，如实填写相关内容后，将申请表和准备好的材料一并提交给税务窗口工作人员。

然后税务部门会进行审核。税务部门收到申请后，会对提交的材料进行详细审核，核实个体工商户的纳税情况。审核内容包括是否存在未申报的税种、是否有欠税记录等。如果在审核过程中发现问题，税务部门会联系个体工商户，要求其补充材料或进行整改。

当审核通过后，就可以完成税务注销。税务部门会出具清税证明，这意味着个体工商户在税务方面的注销手续已经完成。

最后进行工商注销登记。个体工商户持清税证明和相关材料，到当地的市场监督管理部门办理营业执照注销手续。可以通过现场窗口办理，也可以在当地市场监管部门的政务服务平台上进行线上申请。经市场监督管理部门审核无误后，予以注销登记，至此，个体工商户清税注销流程全部完成。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五十四条

自然人从事工商业经营，经依法登记，为个体工商户。个体工商户可以起字号。

第五十六条

个体工商户的债务，个人经营的，以个人财产承担；家庭经营的，以家庭财产承担；无法区分的，以家庭财产承担。

农村承包经营户的债务，以从事农村土地承包经营的农户财产承担；事实上由农户部分成员经营的，以该部分成员的财产承担。