不能达成协议离婚可以通过诉讼离婚的方式处理。

当夫妻双方不能达成协议离婚时，意味着双方在离婚意愿、财产分割、子女抚养等方面存在分歧，无法就离婚相关事宜协商一致。在这种情况下，诉讼离婚是一种可行的途径。

需要向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。一般来说，是向被告住所地人民法院提起，如果被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。提起诉讼时，要准备好相关的材料，包括起诉状、身份证、结婚证以及能支持自己诉求的证据等。起诉状中应明确表明自己的离婚请求，以及对财产分割、子女抚养等问题的主张。

人民法院在受理案件后，会先进行调解。调解是离婚诉讼的必经程序，法院会根据双方的具体情况，尝试促使双方达成和解或者在离婚相关问题上达成一致意见。如果调解成功，双方可以达成调解协议，法院会制作调解书，调解书与判决书具有同等法律效力。

若调解不成，法院会进入审理阶段。在审理过程中，双方需要提供证据来支持自己的主张。比如，在财产分割方面，要提供财产的相关证据，证明财产的归属和价值；在子女抚养问题上，要提供自己更适合抚养子女的证据，如经济状况、居住环境等。法院会根据法律规定和实际情况进行审理和判决。

根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有重婚或者与他人同居、实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员等情形之一，调解无效的，应当准予离婚。

总之，不能达成协议离婚时，通过诉讼离婚可以借助法律的力量，公平公正地解决离婚相关问题。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。