挪用公款追回部分应根据不同情况进行处理，一般会返还给原单位，若案件涉及刑事诉讼，会作为证据固定并随案移送，最终在判决时依法处置，用于退赔被害单位损失等。

从法律规定来看，挪用公款是一种严重的违法犯罪行为。根据《中华人民共和国刑法》第三百八十四条规定，国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪。当挪用的公款被追回部分后，这部分款项的处理有着明确的原则和流程。

在司法实践中，一旦发现挪用公款行为并启动调查程序，对于追回的部分公款，通常会先进行妥善保管。司法机关会对这部分款项进行详细的记录和证据固定，以确保其来源和性质清晰明确，这部分款项会作为重要的证据材料随案移送。

如果挪用公款的行为构成犯罪，进入刑事诉讼程序后，在法院作出判决时，会根据具体的案件情况对追回的公款进行处理。一般情况下，这部分款项会优先返还给被挪用公款的单位，以弥补该单位所遭受的损失。这是因为挪用公款侵犯了单位对公款的合法占有、使用和收益权，将款项返还给单位是恢复其合法权益的重要方式。

若在返还单位损失后还有剩余款项，或者存在其他复杂情况，法院会根据法律规定和具体案情进行综合判断和处理。例如，如果挪用公款的行为人还需承担其他民事赔偿责任，剩余款项可能会用于支付相应的赔偿。此外，如果案件中存在其他受害人，法院也会考虑将款项合理分配给其他受害人，以保障他们的合法权益。总之，挪用公款追回部分的处理会严格遵循法律规定，以实现公平正义和维护各方合法权益的目的。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第六十四条

犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库；不得挪用和自行处理。