员工自动离职，工资应按照劳动合同约定和实际出勤天数进行结算。

根据《工资支付暂行规定》，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。所以，即使员工自动离职，用人单位也有义务支付其已工作期间的工资。

在结算工资时，计算依据主要是劳动合同中约定的工资标准和员工实际出勤的天数。例如，劳动合同约定月工资为固定金额，那么将月工资除以当月应出勤天数，得到日工资标准，再乘以员工实际出勤天数，就是应结算的工资。如果工资构成包含基本工资、绩效工资、奖金等不同部分，需要根据公司的薪酬制度和员工实际的工作表现来分别计算。对于绩效工资，可能需要根据绩效考核的结果按比例发放；奖金则要看公司关于奖金发放的具体规定，是否与出勤和工作成果相关等。

需要注意的是，有些用人单位可能会以员工自动离职给公司造成损失为由，扣除部分工资。但这种扣除是有严格法律限制的。根据法律规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

另外，如果员工自动离职给用人单位造成了实际的、可量化的损失，如岗位空缺导致的业务停滞损失、招聘新员工的费用等，用人单位需要有充分的证据证明该损失的存在和金额，并且要通过合法的途径要求员工赔偿，而不能随意克扣工资。同时，员工也有权要求用人单位提供工资结算的明细，以确保工资结算的准确性和合理性。如果双方在工资结算上存在争议，员工可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。

法律依据：

《工资支付暂行规定》 第九条

劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

第十六条

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。