公司与非公司企业法人在设立依据、责任承担、治理结构、出资方式等方面存在差异。公司依据《公司法》设立，股东承担有限责任，治理结构规范；非公司企业法人依据其他相关法律法规设立，出资人承担的责任可能不同，治理结构相对灵活。

一、设立依据不同公司是依照《中华人民共和国公司法》设立的企业法人，有有限责任公司和股份有限公司两种形式。公司法对公司的设立条件、设立程序、组织机构等方面都有详细且严格的规定。而非公司企业法人的设立依据则较为多样，例如全民所有制企业主要依据《全民所有制工业企业法》等相关法规设立，集体所有制企业依据关于集体企业的相关法规设立。这些法规与公司法在具体规定上存在较大差异。

二、责任承担方式不同公司的股东以其认缴的出资额或认购的股份为限对公司承担责任，公司以其全部财产对公司的债务承担责任。这意味着股东的个人财产与公司财产是相对分离的，股东的风险相对可控。非公司企业法人中，全民所有制企业以国家授予其经营管理的财产承担民事责任；集体所有制企业由企业享有财产所有权，以企业的全部财产承担民事责任。有些非公司企业法人的出资人可能要对企业债务承担无限责任或无限连带责任。

三、治理结构不同公司有较为规范和完善的治理结构，一般包括股东会（股东大会）、董事会、监事会等。股东会是公司的权力机构，董事会负责公司的经营决策，监事会负责监督公司的经营管理活动。这种三权分立的治理结构有助于保障公司的规范运作和股东的权益。非公司企业法人的治理结构相对灵活，可能没有像公司那样严格的组织架构，例如一些全民所有制企业实行厂长（经理）负责制，厂长（经理）在企业的经营管理中具有较大的权力。

四、出资方式不同公司的股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。非公司企业法人的出资方式可能因企业性质不同而有所差异，例如集体所有制企业的出资可能来自集体成员的共同出资、集体积累等。

五、利润分配和税收政策不同公司的利润分配通常按照股东的出资比例或股份比例进行分配，并且公司需要按照企业所得税法缴纳企业所得税，股东取得股息、红利等权益性投资收益还需要缴纳个人所得税。非公司企业法人的利润分配方式可能更加多样化，税收政策也可能因企业性质和相关规定而有所不同。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第六条

设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。

法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。

公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。