商品住房契税的计算需结合房屋套数、面积及不含增值税的合同金额，税率分档为1%-3%，首套、二套住房有明确优惠，多套住房按3%-5%（各地有差异）执行，特殊情况如保障性住房、拆迁安置可享减免。

商品住房契税的计算需满足两个核心条件：计算基数为不含增值税的合同总金额（若合同含增值税，需先扣除增值税部分），税率根据房屋套数和面积分档确定。具体规则如下：

首先，明确房屋套数认定标准。以家庭（夫妻双方及未成年子女）为单位，在购房所在地的不动产登记系统中无住房记录的，认定为“首套住房”；已有1套住房的，认定为“二套住房”；已有2套及以上住房的，认定为“多套住房”。套数认定以购房时的不动产查询结果为准。

其次，根据套数和面积确定税率：
首套住房：面积≤90平方米的，税率为1%；面积＞90平方米的，税率为1.5%。例如，一套不含税总价100万元的首套住房，若面积85平方米，契税=100万×1%=1万元；若面积120平方米，契税=100万×1.5%=1.5万元。
二套住房：面积≤90平方米的，税率为1%；面积＞90平方米的，税率为2%。例如，二套住房面积80平方米、不含税价120万元，契税=120万×1%=1.2万元；面积110平方米的，契税=120万×2%=2.4万元。
多套住房：无论面积大小，税率通常为3%-5%，具体标准由各省、自治区、直辖市根据实际情况确定（如北京、上海多套住房税率为3%，部分城市为4%）。

需特别注意“不含增值税的合同金额”的计算方式。若购房合同中“总价款”已明确标注“不含增值税”，则直接以此为基数；若合同未区分，需按公式“不含税金额=含税总金额÷（1+适用增值税税率）”计算（新房增值税税率通常为9%，二手房若为非普通住房且未满2年，增值税税率为5%）。例如，含税总价109万元的新房（增值税率9%），不含税金额=109万÷（1+9%）=100万元，以此作为契税计算基数。

此外，部分特殊情况可享受契税优惠：
保障性住房：经济适用房、共有产权房等保障性住房，符合条件的可按1%税率征收（具体以地方政策为准）；
拆迁安置住房：因拆迁获得货币补偿后购房的，可凭拆迁补偿协议减免部分契税（减免金额不超过补偿款）；
夫妻间过户、法定继承：此类情形不属于商品住房交易，免征契税（非交易环节）。

实际操作中，需注意各地执行细则可能存在差异（如部分城市对“首套”的认定范围、多套住房的具体税率），建议在签订购房合同前，通过当地税务局官网、不动产登记中心或开发商核实具体政策，避免因信息误差导致税费计算错误。

法律依据：

《契税法》 第三条

契税税率为百分之三至百分之五。契税的具体适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的税率幅度内提出，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案。省、自治区、直辖市可以依照前款规定的程序对不同主体、不同地区、不同类型的住房的权属转移确定差别税率。

第九条

契税的纳税义务发生时间，为纳税人签订土地、房屋权属转移合同的当日，或者纳税人取得其他具有土地、房屋权属转移合同性质凭证的当日。