小规模公司股权变更后涉及的税种主要包括印花税（转让方与受让方均需缴纳）、个人所得税（转让方为自然人时）、企业所得税（转让方为企业时）。具体纳税规则需根据转让方主体类型、股权转让价格、股权原值等因素确定，需按税法规定及时申报缴纳。

小规模公司股权变更本质是股东之间或股东与外部投资者之间的股权权属转移，税务处理需根据交易主体、股权性质及转让价格等因素综合判断，核心涉及以下税种：

一、印花税：转让方与受让方均需缴纳的基础税种

根据《印花税暂行条例》及《印花税法》（2022年实施），股权转让合同属于“产权转移书据”税目，转让方和受让方均需按合同所载金额的0.05%缴纳印花税。例如，某小规模公司股东A（自然人）将持有的100万元股权以150万元转让给股东B，A和B需分别缴纳印花税150万×0.05%=750元。计税依据为股权转让合同确定的交易金额，若合同未明确金额或金额明显偏低且无正当理由，税务机关有权核定计税依据（如按股权对应的净资产份额核定）。申报需在签订股权转让合同后、办理股权变更登记前完成，可通过电子税务局或主管税务机关办税服务厅申报，通常随“产权转移书据”税目申报缴纳。

二、个人所得税：转让方为自然人时的核心税种

当股权转让方为自然人（包括小规模公司的自然人股东）时，需按“财产转让所得”缴纳个人所得税，税率为20%。根据《个人所得税法》及《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号），应纳税所得额=股权转让收入-股权原值-合理费用，其中“合理费用”包括印花税、资产评估费、中介费等与股权转让直接相关的支出。例如，股东A转让股权收入150万元，股权原值80万元，缴纳印花税750元，其他中介费2万元，则应纳税所得额=150万-80万-0.075万-2万=67.925万元，个人所得税=67.925万×20%=13.585万元。申报需在签订股权转让协议后、股权变更登记前向被投资企业所在地主管税务机关办理纳税申报，并提交股权转让合同、股权原值证明、完税凭证等资料，未按规定申报可能面临滞纳金或罚款。

三、企业所得税：转让方为企业时的纳税义务

若股权转让方为企业（如小规模公司本身作为转让方转让持有的其他公司股权，或转让方为有限责任公司、合伙企业等企业主体），需将股权转让所得计入企业应纳税所得额，按企业所得税税率缴纳。居民企业转让股权所得适用25%的法定税率，符合条件的小型微利企业可享受20%税率（2023年政策下，应纳税所得额低于300万元的小微企业实际税负5%）。例如，某小规模公司（属于小微企业）转让持有的另一公司股权，收入200万元，股权成本120万元，印花税1000元，其他费用3万元，则股权转让所得=200万-120万-0.1万-3万=76.9万元，企业所得税=76.9万×5%=3.845万元。非居民企业转让中国境内企业股权的，需按10%税率缴纳企业所得税（有税收协定的可适用更低税率），由受让方代扣代缴（源泉扣缴）。企业所得税需按季度或年度预缴，年度汇算清缴时统一申报股权转让所得。

四、特殊情形下的税务处理

1. 股权赠与：直系亲属（父母、子女、配偶等）之间无偿赠与股权，属于“有正当理由”的情形，暂免征收个人所得税；非直系亲属间赠与股权，视同股权转让，需按上述规则缴纳个税和印花税。
2. 零元或低价转让：若股权转让价格明显偏低且无正当理由（如低于股权对应的净资产份额、低于取得成本等），税务机关有权依据每股净资产或股权对应的净资产份额核定股权转让收入。
3. 违约金收入：股权转让合同中约定的违约金、补偿金等，若属于因股权转让产生的收入，需并入股权转让收入缴纳个税或企业所得税。

综上，小规模公司股权变更后，需根据转让方主体类型（个人或企业）、转让价格等因素，分别缴纳印花税、个人所得税或企业所得税，建议在交易前咨询主管税务机关，确保合规申报，避免税务风险。

法律依据：

《中华人民共和国个人所得税法》 第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。