法人跑路后，股东若发现公司存在税务违法行为，可通过确认举报事由、准备法定材料、选择官方渠道（12366热线、税务局官网、现场提交）提交举报，配合税务机关调查并跟进处理结果。过程中需依据《税收征收管理法》等法规，确保材料真实且自身无关联违法责任。

当法人跑路且公司存在税务违法嫌疑时，股东有权依法向税务机关举报，这一权利受法律明确保护。根据《税收征收管理法》第十三条规定，任何单位和个人都有权检举违反税收法律、行政法规的行为，税务机关应当为检举人保密，并按照规定给予奖励。股东作为公司投资人，若发现公司存在偷逃税款、虚开发票、隐瞒收入等税务问题，可按以下流程操作：

首先需明确举报事由并核实线索。股东应先通过公司财务资料、经营合同、银行流水等文件，确认是否存在具体税务违法事实，例如公司是否长期零申报却有实际经营、是否存在虚开增值税发票、是否隐瞒销售收入等。需注意，举报需基于客观事实，若仅凭猜测或无证据举报，可能因“诬告”面临法律责任。

需准备的核心材料包括三类：一是股东身份证明，如身份证复印件、股东名册或公司章程（证明股东身份及持股比例）；二是公司税务违法线索材料，如可疑的账簿记录、虚开发票复印件、未入账的合同、银行转账凭证等；三是法人失联证明，如公安机关出具的失踪报案回执、法院公告的寻人启事等（证明法人无法联系，公司税务问题需紧急处理）。材料需整理成册，复印件注明“与原件一致”并签字。

主要举报渠道包括以下三种：1. 12366纳税服务热线：拨打全国统一热线12366，选择“税收违法行为举报”模块，向接线人员提供公司名称、统一社会信用代码、违法事实、线索材料清单及联系方式，接线后会生成受理编号，方便后续查询；2. 税务局官网在线举报：登录公司所在地省级税务局官网，通常在“互动交流”栏目下有“税收违法行为举报”入口，按提示填写举报信息并上传材料扫描件；3. 现场提交：携带材料原件及复印件，到公司主管税务机关（通常为注册地税务局）的稽查局或纳税服务大厅提交，工作人员会出具《举报材料接收回执》。

提交举报后，需积极配合税务机关调查。税务机关受理后（一般在5个工作日内决定是否受理），会通过电话、书面或系统通知举报人补充材料或说明情况。股东作为举报人，需如实提供所知信息，不得隐瞒或伪造证据。根据《税收违法行为检举管理办法》，税务机关会对举报人信息严格保密，但会将处理结果（如是否立案、追缴税款金额等）告知举报人（实名举报）。

关于后续跟进与结果处理，税务机关调查期限一般为60日（复杂案件可延长30日），股东可通过受理编号登录官网或拨打12366查询进度。若查实公司存在税务违法，税务机关会依法追缴税款、滞纳金，并处以罚款（通常为税款的50%至5倍）；若涉及虚开增值税专用发票、偷税金额巨大等情形，会移交公安机关追究刑事责任（法人及直接责任人）。若举报不实且属故意诬告，股东可能面临《治安管理处罚法》规定的罚款或拘留。

需特别注意股东自身法律风险**：若股东参与了公司税务违法行为（如签字确认虚假报表、参与分红却不申报个税），即使举报仍需承担连带责任；若为不知情的小股东（如仅出资未参与经营），及时举报可证明自身无过错，避免被认定为“共同违法”。建议股东在举报前咨询税务律师，梳理自身行为，评估法律风险。

综上，法人跑路后股东举报税务问题需以事实为依据、以法律为准绳，通过合法渠道提交材料，配合调查，既能维护税收秩序，也能最大限度降低自身连带风险。