员工工资扣税即个人所得税（综合所得）的计算，采用累计预扣预缴制度，需先确定累计应纳税所得额，再按3%-45%的超额累进税率计算应纳税额。计算公式为：累计应纳税所得额=累计收入-累计免税收入-累计减除费用（每月5000元）-累计专项扣除（三险一金）-累计专项附加扣除-累计其他扣除；本期应预扣预缴税额=（累计应纳税所得额×预扣率-速算扣除数）-累计已预扣预缴税额。

员工工资扣税属于个人所得税中的“综合所得”范畴，具体计算需遵循《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，核心是累计预扣预缴制度，即按纳税年度内累计收入和扣除项计算，逐月预缴，年度终了后进行汇算清缴。以下从计算逻辑、关键扣除项、税率标准及实例演示三方面详细说明。

一、工资扣税的核心计算逻辑
工资扣税的本质是对员工“工资薪金所得”征收个人所得税，计算时需以累计收入为基础，减去法定扣除项后得出“累计应纳税所得额”，再对照税率表计算税额。其中，“累计”是指从当年1月至当前月份的合计数，这意味着工资扣税并非按月单独计算，而是全年累计滚动计算，前期预缴税额可能较低，后期随累计收入增加，适用税率可能提高。

二、关键扣除项及标准
计算累计应纳税所得额时，需扣除以下项目，这些是降低税负的核心：
1. 累计减除费用：每月5000元（全年6万元），所有员工均可享受，例如员工工作3个月，累计减除费用为15000元（5000×3）。
2. 累计专项扣除：即个人缴纳的“三险一金”（基本养老保险、基本医疗保险、失业保险、住房公积金），具体金额按员工工资和当地缴费比例计算，例如工资15000元，三险一金缴费比例10%，则每月专项扣除1500元。
3. 累计专项附加扣除：包括子女教育（每月1000元/子女）、继续教育（学历教育每月400元，职业资格教育3600元/年）、大病医疗（年度汇算时扣除，限额8万元）、住房贷款利息（每月1000元）、住房租金（根据城市等级每月800-1500元）、赡养老人（独生子女每月2000元，非独生子女分摊）。员工需提前通过个税APP填报信息，单位才能预扣时扣除。
4. 其他扣除：如个人购买的商业健康保险（符合条件的每月200元）、税收递延型养老保险等，需符合税法规定。

三、税率表与应纳税额计算
累计应纳税所得额确定后，对照综合所得个人所得税税率表（3%-45%超额累进税率）计算：
（全年累计应纳税所得额）不超过36000元的部分，税率3%，速算扣除数0；超过36000元至144000元的部分，税率10%，速算扣除数2520；超过144000元至300000元的部分，税率20%，速算扣除数16920；以此类推，最高档超过960000元的部分，税率45%，速算扣除数181920。
计算公式为：本期应预扣预缴税额=（累计应纳税所得额×预扣率-速算扣除数）-累计已预扣预缴税额。

四、实例演示：某员工工资扣税计算
假设员工A 2025年1月入职，月工资18000元，每月三险一金个人缴纳2000元，专项附加扣除为子女教育（1000元）+住房贷款利息（1000元）=2000元。
1月计算：
累计收入=18000元
累计减除费用=5000元
累计专项扣除=2000元
累计专项附加扣除=2000元
累计应纳税所得额=18000-5000-2000-2000=9000元
对应税率3%，速算扣除数0
应预扣预缴税额=9000×3%-0=270元
2月计算：
累计收入=36000元
累计减除费用=10000元
累计专项扣除=4000元
累计专项附加扣除=4000元
累计应纳税所得额=36000-10000-4000-4000=18000元
应预扣预缴税额=18000×3%-270（1月已缴）=270元
3月计算：
累计收入=54000元
累计应纳税所得额=54000-15000-6000-6000=27000元
应预扣预缴税额=27000×3%-540（1-2月已缴）=270元
若员工A全年工资稳定，累计应纳税所得额=18000×12-5000×12-2000×12-2000×12=（18000-5000-2000-2000）×12=9000×12=108000元，对应税率10%，速算扣除数2520，全年应纳税额=108000×10%-2520=8280元，每月平均预缴690元（因前期累计应纳税所得额未超过36000元，前4个月每月预缴270元，后续月份随累计额增加，税率提高，预缴税额增加）。

五、注意事项
1. 年终奖计税：2025年延续“全年一次性奖金单独计税”优惠政策，员工可选择将年终奖单独按3%-45%税率计算，或并入综合所得计税，选择税负较低的方式。
2. 汇算清缴：次年3-6月需进行年度汇算，若预扣预缴税额与实际应纳税额有差异（如专项附加扣除未及时填报、更换工作等），需通过汇算多退少补。
3. 信息更新：专项附加扣除信息发生变化（如子女毕业、房贷还清等），需及时在个税APP更新，避免多扣或漏扣。

综上，员工工资扣税需结合累计收入、各项扣除及超额累进税率综合计算，通过准确填报专项附加扣除、合理选择年终奖计税方式等，可依法降低税负。

法律依据：

《中华人民共和国个人所得税法》 第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。