公司法人（实际应为法定代表人）不配合注销时，股东可通过法定程序推动注销，包括协商沟通、召开股东会决议启动注销程序、指定清算组、诉讼解决僵局及通过行政途径辅助，核心依据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，保障股东合法权益。

首先需明确法律概念：公司作为独立法人，其注销程序的启动权属于股东会，而非法定代表人。法定代表人仅为公司的执行机构负责人，无权单方面决定是否注销公司，更不能以个人意志阻碍股东会决议的执行。根据《中华人民共和国公司法》第三十七条，股东会是公司的权力机构，有权对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议，该决议对公司及全体股东、法定代表人均具有法律约束力。

若法定代表人拒不配合注销，股东可按以下步骤操作：

第一步：协商沟通与内部决议。股东应首先与法定代表人沟通注销原因及必要性，争取达成一致。若沟通无果，持有公司表决权三分之二以上的股东可直接召开股东会，作出注销公司的决议；若股东持股比例未达三分之二，但符合“公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决”的情形（如法定代表人长期失联、滥用职权导致公司无法正常经营），单独或合计持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可依据《公司法》第一百八十二条请求人民法院解散公司。

第二步：指定清算组推进注销。股东会决议注销或法院判决解散后，公司应在解散事由出现之日起十五日内成立清算组。若法定代表人作为清算义务人（通常为公司董事、监事、高级管理人员）拒不组织清算，股东可直接通过股东会指定清算组成员（成员可为股东、律师、会计师等专业人员）。清算组需依法开展清算工作，包括清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、通知债权人、处理未了结业务、清缴税款等，最终制作清算报告并报股东会确认。

第三步：诉讼解决法定代表人阻碍行为。若法定代表人拒绝移交公司印章、营业执照、财务账簿等关键资料，或干扰清算组工作，清算组可依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第八条，以公司名义向人民法院提起诉讼，要求法定代表人履行移交义务或排除妨害。若法定代表人因故意或重大过失导致公司财产损失（如隐匿、转移公司资产），股东还可依据《公司法》第一百四十九条，要求其承担赔偿责任。

第四步：通过行政途径辅助清算。若公司无财产可供分配且无债务，或股东已完成清算但法定代表人不配合办理注销登记，股东可凭股东会决议、清算报告等材料，直接向公司登记机关申请注销。根据《市场主体登记管理条例》第三十一条，公司清算组应当自清算结束之日起三十日内向登记机关申请注销登记，登记机关审查材料齐全、符合法定形式的，应予核准注销，无需法定代表人单独签字同意。

需特别注意：若公司长期不注销，可能被列入经营异常名录、吊销营业执照，法定代表人及股东将面临信用风险（如被限制高消费、影响个人征信）。因此，股东应在发现法定代表人不配合时及时通过法律途径维权，避免拖延导致损失扩大。整个过程需严格遵循法定程序，留存股东会决议、清算文件、沟通记录等证据，确保注销行为合法有效。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第一百八十三条

公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。

第一百八十八条

公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。