三方协议不退回可能导致档案转递受阻、落户手续无法办理、应届毕业生身份认定受影响、面临用人单位追责风险，同时影响学校就业统计与后续服务。

三方协议是普通高等学校毕业生、用人单位、学校三方签订的明确就业意向的书面协议，具有法律约束力，其作用涉及毕业生就业手续办理、档案管理、户籍迁移等关键环节。若未按规定退回或解除协议，可能引发多方面问题。

档案转递受阻是常见影响之一。根据《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》，学校通常依据三方协议中的用人单位信息办理档案转递手续。若毕业生已签订三方协议但未实际入职，且未与用人单位、学校协商退回或解除协议，学校可能仍按协议地址将档案转递至原用人单位。一旦档案进入用人单位档案管理系统，后续提取需经用人单位同意，若双方存在纠纷，可能导致档案长期滞留，影响考研、考公、入职新单位等需要档案审核的事项。

落户手续无法办理是另一重要后果。多数城市的高校毕业生落户政策中，三方协议是户籍迁移的核心材料之一。例如，部分城市要求毕业生提供三方协议、就业报到证等材料办理集体户口或个人户口迁入，若协议未退回且未解除，学校无法重新出具就业报到证，户籍管理部门也无法依据有效材料办理落户审批，最终导致毕业生无法在工作城市正常落户，影响购房、子女教育等长远权益。

应届毕业生身份认定受影响需重点关注。应届毕业生身份在考公、国企招聘、事业单位招考中具有重要价值，部分岗位明确要求“仅限应届毕业生报考”。若三方协议未退回且未解除，学校就业信息系统中可能显示毕业生“已就业”，后续若毕业生选择考研、考公或重新求职，需提供未就业证明或解除协议证明时，因协议未处理，可能无法通过相关部门的应届身份审核，错失就业机会。

面临用人单位追责风险不容忽视。三方协议中通常包含违约责任条款，若协议明确约定“毕业生单方面违约需支付违约金”，且毕业生未与用人单位协商一致解除协议并退回，用人单位可依据协议向毕业生主张违约责任，要求支付违约金。即使协议未约定违约金，用人单位也可能以“信赖利益损失”为由提起诉讼，要求毕业生赔偿招聘成本、岗位空缺损失等，增加毕业生的法律纠纷与经济负担。

此外，三方协议不退回还会影响学校就业统计与后续服务。学校需根据三方协议签订情况统计就业率，未退回的协议可能导致就业数据失真，影响学校就业工作评估。同时，学校针对未就业毕业生提供的求职指导、招聘会信息、政策咨询等服务，可能因系统显示“已就业”而无法覆盖，导致毕业生错失就业支持资源。

综上，三方协议的处理需遵循诚实信用原则，毕业生若因升学、考公、更换工作等原因无法履行协议，应及时与用人单位、学校沟通，按规定办理协议解除或退回手续，避免因拖延处理引发系列权益风险。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五百零九条

当事人应当按照约定全面履行自己的义务。

当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。

当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。

《中华人民共和国民法典》 第五百七十七条

当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。