嫌疑人证据不足时，在不同诉讼阶段有不同的处理方式。侦查阶段应撤销案件；审查起诉阶段可退回补充侦查或作出不起诉决定；审判阶段应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

在刑事诉讼中，证据是认定犯罪嫌疑人是否有罪的关键依据。当出现嫌疑人证据不足的情况时，依据所处的不同阶段，有相应的处理办法。

侦查阶段。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。如果经过侦查，收集到的证据不足以证明嫌疑人实施了犯罪行为，公安机关等侦查机关就应当撤销案件，解除对嫌疑人的强制措施，如释放被羁押的嫌疑人等。这体现了保障公民合法权益，避免无罪的人被无端追究刑事责任。

审查起诉阶段。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种处理方式既保证了案件的质量，又避免了对证据不足的嫌疑人进行不必要的起诉和审判。

审判阶段。根据疑罪从无的原则，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这意味着当公诉机关提供的证据无法达到确实、充分的证明标准时，法院不能认定被告人有罪，应宣告其无罪。这是保障被告人合法权益的重要体现，也是维护司法公正和法治尊严的必然要求。

在刑事诉讼的各个阶段，当嫌疑人证据不足时，都有相应的法定程序来保障其合法权益，确保司法活动的公正与公平。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百条

在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：

(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决;

(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决;

(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。