股权转让协议违约后违约金的计算方式有约定和法定两种。若协议中有明确约定违约金数额或计算方法，通常按约定执行；若没有约定，则由法院根据实际损失等因素来确定。

在股权转让协议中，违约金的计算是一个重要问题。依据意思自治原则，合同双方可以在协议中自行约定违约金的数额或者计算方法。这种约定具有优先性，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，在一方违约时就应当按照约定来计算违约金。例如，协议可能约定若转让方未按约定时间办理股权过户手续，每逾期一天，需按照股权转让总价款的一定比例（如万分之一）支付违约金。

当协议没有约定违约金时，就需要按照法定规则来处理。根据相关法律规定，违约方应赔偿守约方因违约所遭受的损失。损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。比如，受让方因转让方违约未能及时获得股权，导致错过了某个投资机会，由此产生的可得利益损失，在合理范围内可以要求转让方赔偿。

同时，若约定的违约金过分高于或低于造成的损失，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少或增加。判断是否“过分高于”或“过分低于”，通常以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素。例如，约定的违约金数额是实际损失的数倍，违约方就可以请求法院适当降低。

在计算违约金时，证据的收集和提供至关重要。守约方需要提供充分的证据证明自己所遭受的损失，如财务报表、合同、市场分析报告等，以便在主张违约金时有更有力的依据。股权转让协议违约后违约金的计算要综合考虑合同约定、法律规定以及实际情况等多方面因素。

法律依据：

《民法典》 第五百八十五条

当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。