工程合同无效时，法院会根据具体情形进行不同判决。若建设工程经验收合格，可参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人；经验收不合格但修复后合格，发包人可请求承包人承担修复费用，修复后仍不合格则承包人无权请求折价补偿。法院还会根据双方过错判定赔偿损失等问题。

在司法实践中，工程合同无效的情况较为复杂，法院的判决需依据相关法律法规和具体案件事实。根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条规定，建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这是因为虽然合同无效，但工程已完成且质量合格，承包人投入了人力、物力等成本，从公平角度出发，应给予其相应的补偿。例如，某建筑公司与发包方签订的工程合同被认定无效，但该建筑公司完成的工程经相关部门验收合格，此时法院会参照合同中关于工程价款的约定，判决发包方对建筑公司进行折价补偿。

若建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，分两种情况处理。一是修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用。比如工程存在一些质量瑕疵，承包人进行修复后通过了验收，那么发包人有权要求承包人承担修复所产生的费用。二是修复后的建设工程经验收仍不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。这是因为工程最终未能达到合格标准，承包人未能完成符合要求的工作成果，不应获得相应的工程价款。

合同无效后，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法院会根据双方在导致合同无效过程中的过错程度，来判定赔偿责任的分担。例如，如果发包方在明知承包方不具备相应资质的情况下仍与其签订合同，而承包方也故意隐瞒资质问题，那么双方都存在过错，法院会根据具体过错比例，判决双方各自承担相应的损失赔偿责任。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。