农村房屋确权通常需要到当地的不动产登记机构办理手续。在一些地区，可能由自然资源和规划局下属的不动产登记中心负责。

农村房屋确权是保障农民房屋合法权益的重要举措，明确办理手续的部门对于顺利完成确权至关重要。

不动产登记机构：根据《不动产登记暂行条例》，国家实行不动产统一登记制度。农村房屋作为不动产的一种，其确权登记工作由不动产登记机构负责。大部分地区都设立了专门的不动产登记中心，它隶属于自然资源和规划局。该机构整合了原本分散在多个部门的不动产登记职责，包括土地、房屋等登记工作，实现了“一站式”服务。比如，在办理农村房屋确权时，农民可以在不动产登记中心一次性提交相关材料，完成各项登记手续，避免了在多个部门之间来回奔波。

乡镇政府相关部门协助：在农村房屋确权过程中，乡镇政府的相关部门也起着重要的协助作用。乡镇的国土资源所或村镇建设服务中心等部门，会对农村房屋的情况进行初步调查和审核。他们会实地查看房屋的建设情况、占地面积等是否符合相关规定，收集并整理相关资料，然后将符合要求的资料上报给不动产登记机构。例如，对于新建房屋的确权，乡镇部门会核实房屋是否经过合法的审批程序，是否按照规划建设等。

其他可能涉及的部门：在某些特殊情况下，还可能涉及到其他部门。比如，如果农村房屋涉及到宅基地纠纷，可能需要乡镇政府的调解部门或司法部门介入处理；如果房屋建设涉及到历史遗留问题，可能需要与当地的文物保护部门或历史文化保护相关部门进行沟通协调。

农村房屋确权主要是到当地的不动产登记机构办理手续，但整个过程可能会涉及到多个部门的协作与配合。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。