签署保密协议给予有偿补贴是合法的，并且在很多情况下是常见且合理的操作，而不给予补贴通常也不影响保密协议本身的合法性，但可能影响协议的履行和员工的积极性等。

从法律层面来看，保密协议是指协议当事人之间就一方告知另一方的书面或口头信息，约定不得向任何第三方披露该等信息的协议。我国法律法规并未强制要求用人单位在与劳动者签署保密协议时必须给予有偿补贴。也就是说，保密协议的效力并不以支付保密补贴为前提条件。

在实践中，给予有偿补贴具有多方面的积极意义。对于劳动者而言，获得保密补贴是对其履行保密义务的一种经济补偿。当劳动者遵守保密协议，限制了自身一定的信息使用和披露权利时，补贴是对这种限制的合理回报，能够提高劳动者履行保密义务的积极性和主动性。例如，一些企业的核心技术研发人员，他们掌握着企业的关键商业秘密，给予他们保密补贴，能够让他们更有动力去保守这些秘密。

对于用人单位来说，支付保密补贴可以增强保密协议的稳定性和可执行性。在发生保密纠纷时，如果用人单位一直支付保密补贴，在证明劳动者知晓并应当履行保密义务方面会更有优势。而且，从公平原则出发，劳动者为用人单位保守秘密，用人单位给予一定的经济补偿，也符合商业道德和公平交易的理念。

如果用人单位与劳动者在保密协议中约定了保密补贴，那么就应当按照约定及时、足额支付。否则，劳动者可能会以用人单位违约为由，主张自己不再受保密协议的约束，这可能会给用人单位带来法律风险。签署保密协议时给予有偿补贴是合法且具有一定合理性的操作。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第二百七十五条

故意毁坏公私财物，数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。