多付工程款审计后，通常会根据多付的原因、金额大小及相关合同和法律法规规定，采取追回多付款项、追究相关人员责任、完善管理制度等处理措施。

审计发现多付工程款后，第一步往往是明确多付的具体金额和原因。这需要审计人员对工程合同、支付凭证、工程进度记录等相关资料进行详细审查。多付工程款的原因可能多种多样，比如计算错误、施工单位虚报工程量、监理单位失职等。

对于多付的款项，最直接的处理方式就是向施工单位追回。审计机构或建设单位会向施工单位发出书面通知，要求其在规定的时间内退还多付的工程款。如果施工单位拒绝退还，建设单位可以通过法律途径，如向法院提起诉讼，来维护自身的合法权益。

同时，要追究相关责任人的责任。如果是由于内部人员的故意或重大过失导致多付工程款，建设单位应根据内部规章制度对相关责任人进行处分，如警告、罚款、降职甚至辞退等。如果涉及违法犯罪行为，如受贿、贪污等，还应移交司法机关依法处理。

在制度层面，需要对工程管理和资金支付制度进行完善。审计会发现原有制度可能存在的漏洞，例如付款审批流程不严格、工程量审核机制不完善等。建设单位应根据审计结果，对相关制度进行修订和完善，加强对工程各个环节的监督和管理，防止类似问题再次发生。

审计结果还应进行公开和通报，一方面可以起到警示作用，让其他施工单位不敢轻易违规操作；另一方面也能接受社会监督，保证工程建设的公平、公正和透明。在整个处理过程中，要严格按照法律法规和相关程序进行，确保处理结果合法、合理、公正。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千一百二十三条

继承开始后，按照法定继承办理；有遗嘱的，按照遗嘱继承或者遗赠办理；有遗赠扶养协议的，按照协议办理。

《中华人民共和国民法典》 第一千一百二十七条

遗产按照下列顺序继承：

（一）第一顺序：配偶、子女、父母；

（二）第二顺序：兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。

继承开始后，由第一顺序继承人继承，第二顺序继承人不继承；没有第一顺序继承人继承的，由第二顺序继承人继承。

本编所称子女，包括婚生子女、非婚生子女、养子女和有扶养关系的继子女。

本编所称父母，包括生父母、养父母和有扶养关系的继父母。