公司注销时税务局查账主要查纳税申报、发票使用、税款缴纳、税务优惠享受、资产处理等方面的情况。

纳税申报情况：税务局会重点审查公司是否按照规定的时间和要求进行了各类税种的申报。包括增值税、企业所得税、个人所得税、印花税等。查看申报的数据是否准确，有无少报、漏报收入的情况。例如，企业是否如实申报了所有的销售收入，对于视同销售的行为是否按规定进行了纳税申报。

发票使用情况：检查公司的发票开具和取得是否合规。查看发票的真实性，有无虚开发票的行为。比如，是否存在为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或者让他人为自己开具与实际业务不符的发票。同时，也会检查发票的保管是否符合规定，有无丢失、损毁发票的情况。

税款缴纳情况：核实公司是否足额缴纳了应纳税款。对于欠税情况，会要求公司补缴税款，并按照规定加收滞纳金。例如，企业所得税是否按照规定的税率和应纳税所得额计算缴纳，增值税的进项税额抵扣是否符合规定等。

税务优惠享受情况：如果公司享受了某些税收优惠政策，税务局会检查公司是否符合享受优惠政策的条件，以及是否按照规定的程序进行了备案。比如，高新技术企业享受税收优惠，会检查企业是否满足高新技术企业的认定标准，相关的研发费用是否真实、合理等。

资产处理情况：在公司注销时，会关注公司的资产处置是否按照规定进行了税务处理。例如，固定资产的出售、报废，存货的处理等是否缴纳了相应的税款。对于资产的损失，是否按照规定进行了税前扣除申报。

税务局还可能会根据公司的行业特点、经营规模等因素，对其他相关税务事项进行检查，以确保公司在注销前完成了所有的税务义务。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第一百八十三条

公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。

《中华人民共和国公司法》 第一百八十八条

公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。