检察院不予起诉后通常没有案底。案底一般指犯罪记录，而检察院不起诉意味着不将犯罪嫌疑人交付法院审判追究刑事责任，也就不存在被法院定罪的情况，所以多数情况下不会留下案底。

需要明确案底的定义。案底是指某人过去犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，该犯罪档案一般存放在公安部门保存。

检察院不予起诉有多种情形。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，法定不起诉适用于以下六种情形：情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；其他法律规定免予追究刑事责任的。在这些情况下，由于本身不构成犯罪或者基于法律规定不再追究刑事责任，自然不会产生犯罪记录，也就是没有案底。

酌定不起诉是指对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这里虽然犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，但检察院基于其情节轻微等因素决定不起诉，这种情况下也不会有犯罪记录案底。

证据不足不起诉是指对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。因为没有足够证据证明犯罪嫌疑人有罪，也就不会被认定为犯罪，同样不会留下案底。不过，虽然检察院不起诉通常没有犯罪案底，但可能会有相关的案件记录，这些记录和犯罪案底不同，一般不影响当事人的正常生活和工作。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百八十六条

犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。