集资房和小产权房存在多方面区别，集资房是企事业单位为解决内部职工住房问题，利用自有划拨土地建设，按成本价出售给内部职工的房屋；小产权房是在集体土地上建设，未缴纳土地出让金等费用，产权证由乡政府或村政府颁发的房屋。二者在产权归属、建设主体、土地性质、合法性和交易限制上均有不同。

产权归属方面，集资房在缴纳相关款项并完成产权登记后，职工可取得完全产权，拥有合法的房屋所有权证和土地使用权证。而小产权房只有乡政府或村政府颁发的“集体产权”，没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，购房合同也不会在国土房管局备案，所谓的产权证不具有真正合法有效的产权凭证。

建设主体方面，集资房的建设主体通常是企事业单位，目的是为了解决本单位职工的住房困难问题。小产权房的建设主体一般是村委会、开发商或个人，通常是在集体土地上自发建设，缺乏正规的开发建设流程和监管。

土地性质方面，集资房所使用的土地一般是通过划拨方式取得的国有土地，土地用途通常是用于建设职工住房。小产权房是建在集体土地上，如农村宅基地、集体建设用地等，这类土地的所有权归农村集体所有。

合法性方面，集资房只要符合相关政策和规定，履行了合法的建设手续，其建设和交易是受法律保护的。小产权房由于违反了土地管理法等相关法律法规，其建设和交易存在一定的法律风险，目前国家对小产权房的买卖持谨慎态度，甚至是禁止的。

交易限制方面，集资房在取得完全产权后，在满足一定条件下可以上市交易，但部分集资房可能会在交易时间、对象等方面存在限制，比如规定在一定年限内不得上市转让。小产权房由于产权不完整，其交易受到严格限制，不能在市场上自由流通，且购买小产权房可能面临无法办理产权过户、房屋被拆除等风险。

法律依据：

《经济适用住房管理办法》 第二条

本办法所称经济适用住房，是指政府提供政策优惠，限定套型面积和销售价格，按照合理标准建设，面向城市低收入住房困难家庭供应，具有保障性质的政策性住房。

第三十五条

单位集资合作建房是经济适用住房的组成部分，其建设标准、优惠政策、供应对象、产权关系等均按照经济适用住房的有关规定严格执行。单位集资合作建房应当纳入当地经济适用住房建设计划和用地计划管理。