刑事案件中没收个人全部财产由人民法院认定。

在刑事司法体系里，对于没收个人全部财产这一刑罚的认定主体是人民法院。这是基于我国法律赋予人民法院的审判权。审判权是国家司法权的重要组成部分，人民法院作为国家的审判机关，代表国家行使审判职能。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。没收个人全部财产是一种附加刑，属于刑罚的范畴。只有在人民法院经过法定程序，对刑事案件进行审理后，依据事实和法律作出有罪判决，并且在符合法律规定适用没收个人全部财产的情形下，才会作出没收个人全部财产的判决。

例如，在一些严重的经济犯罪案件中，如贪污受贿数额特别巨大、情节特别严重的案件，或者某些危害国家安全犯罪案件等，当犯罪行为人的犯罪情节达到法律规定的可以适用没收个人全部财产的标准时，公诉机关会在起诉中提出相应的量刑建议，人民法院会根据案件的具体情况，包括犯罪事实、犯罪情节、犯罪人的主观恶性等多方面因素进行综合考量。

在审判过程中，会保障被告人的各项诉讼权利，包括辩护权等。被告人可以通过自己或委托辩护人进行辩护，对是否应当适用没收个人全部财产这一刑罚发表意见和提供证据。最终，人民法院会根据审理查明的事实和相关法律规定，作出是否没收个人全部财产的判决。所以，人民法院在刑事案件中对没收个人全部财产的认定起着关键且决定性的作用。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第五十九条

没收财产是没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部。没收全部财产的，应当对犯罪分子个人及其扶养的家属保留必需的生活费用。

在判处没收财产的时候，不得没收属于犯罪分子家属所有或者应有的财产。

第六十条

没收财产以前犯罪分子所负的正当债务，需要以没收的财产偿还的，经债权人请求，应当偿还。