股东公司注销后，其持有的股份一般会按照公司清算程序进行处理，通常是先进行债务清偿，剩余财产按股东出资比例或公司章程规定分配，股份对应的权益也随之终结。

当股东公司注销时，意味着该公司作为法人主体的资格消灭，其持有的其他公司股份需要依据相关法律和程序妥善处理。进入清算程序，根据《中华人民共和国公司法》规定，公司因解散而注销的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。清算组会对公司的资产、负债进行全面清查。

在清算过程中，第一步是清偿债务。公司的财产会优先用于支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务。只有在完成这些债务清偿后，才会对剩余财产进行分配。

对于剩余财产的分配，如果公司章程有明确规定，会按照章程的规定来分配股份对应的财产。若章程没有规定，则通常按照股东的出资比例进行分配。例如，股东 A 持有公司 30%的股份，在完成债务清偿后，剩余财产就会按照 30%的比例分配给 A 对应的利益主体。

在股东公司注销后，其持有的股份对应的权利和义务也会随之消灭。因为公司注销后不再具备民事主体资格，不能再作为股东享有参与决策、获取分红等权利。同时，股份所代表的权益会通过清算分配的方式转化为实际的财产，由相关的利益主体获得。

如果股东公司持有的股份涉及到特殊情况，如股份存在质押、冻结等限制，清算组需要按照相关法律规定和程序处理这些问题，以确保股份的处理合法合规。股东公司注销后股份的处理是一个严谨的法律过程，需要遵循法定程序和公司章程的规定。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第一百八十三条

公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。

《中华人民共和国公司法》 第一百八十八条

公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。