医疗事故机构鉴定流程主要包括申请、受理、鉴定、出具鉴定结果等环节。

申请环节。医患双方均可向当地的卫生行政部门或负责医疗事故技术鉴定工作的医学会提出医疗事故鉴定申请。患方可以在知道或应当知道身体健康受到损害之日起1年内，向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。申请时需提交相关材料，如申请书、病历资料等。申请书应载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。

受理阶段。医学会在收到申请后，会对提交的材料进行审核。如果材料齐全，符合受理条件，会在规定时间内受理该鉴定申请，并通知申请人。若材料不齐全，会要求申请人补充材料。自受理医疗事故技术鉴定之日起5日内，医学会会通知医疗事故争议双方当事人提交进行医疗事故技术鉴定所需的材料。

然后进入鉴定环节。医学会会组织专家鉴定组，专家鉴定组由相关专业的医学专家组成。鉴定组会对双方当事人提交的材料进行审查，听取双方当事人的陈述及答辩并进行核实。双方当事人应当按照要求如实提交进行医疗事故技术鉴定所需要的材料，并积极配合调查。专家鉴定组依照医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，运用医学科学原理和专业知识，独立进行医疗事故技术鉴定。

出具鉴定结果。专家鉴定组在事实清楚、证据确凿的基础上，综合分析患者的病情和个体差异，作出鉴定结论。鉴定结论以专家鉴定组成员的过半数通过。鉴定书会包括双方当事人的基本情况及要求、当事人提交的材料和医学会的调查材料、对鉴定过程的说明、医疗行为是否违反医疗卫生管理法律等内容。医学会会将鉴定书送达双方当事人。

法律依据：

《医疗事故处理条例》 第二十条

卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。

《医疗事故处理条例》 第二十一条

设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。

必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。