农村不动产登记超出部分的办理需根据不同情况来处理。若符合相关规定，可能通过补缴费用等方式合法化登记；若不符合规定，可能面临拆除、不予登记等处理。

在农村不动产登记过程中，超出部分的处理方式会因多种因素而有所不同。

了解超出部分的产生原因至关重要。常见的原因包括历史遗留问题、家庭人口增加后自然扩建以及未经批准擅自建设等。

对于历史遗留问题导致的超出部分，各地通常会根据当地的政策进行处理。一般来说，若该不动产在特定历史时期建设且符合当时的一些条件，即便超出了现行标准，也可能给予合理的登记。例如，在农村发展早期，对于宅基地面积没有严格的规范，很多房屋建设超出了后来规定的标准，这种情况下政府可能会考虑实际情况，按照特定的政策进行确权登记。

如果是因为家庭人口增加等合理需求而进行的扩建，且符合乡村规划等要求，在经过相关部门的审核和批准后，可能需要补缴一定的费用来完善手续，然后对超出部分进行登记。这种补缴费用通常是为了平衡公共资源的使用和规范建设行为。

对于未经批准擅自建设导致的超出部分，处理方式则较为严格。如果超出部分违反了乡村规划、占用了耕地等重要资源，相关部门可能会要求拆除超出部分。若拆除不现实或会对房屋整体安全等造成重大影响，可能不予登记这部分面积，并且可能会受到相应的行政处罚。

在办理农村不动产登记超出部分时，首先要主动与当地的不动产登记机构、乡镇政府等相关部门沟通，了解具体的政策和办理流程。按照要求提供相关的证明材料，如房屋建设的时间证明、家庭人口情况等，积极配合审核工作。

农村不动产登记超出部分的办理要依据具体情况，遵循当地政策法规，按规定程序来处理。

法律依据：

《中华人民共和国土地管理法》 第七十七条

未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。