非法行医认定的部门主要包括卫生健康行政部门、公安机关，此外在一些情况下司法机关也会参与到非法行医的认定工作中。

卫生健康行政部门是认定非法行医的重要主体。卫生健康行政部门有职责和权力对医疗卫生行业进行监管。依据《医疗机构管理条例》等相关法规，其有权对未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，或者非卫生技术人员从事医疗卫生技术工作等非法行医行为进行调查和认定。在日常监管中，卫生健康行政部门会通过现场检查、调查取证等方式，确定是否存在非法行医的事实。比如，对于一些黑诊所，卫生健康行政部门可以检查其场所是否具备合法的医疗执业条件，从业人员是否有相应的资质等。一旦认定为非法行医，卫生健康行政部门可以依法给予行政处罚，包括警告、罚款、没收违法所得和药品、器械，以及吊销执业证书等。

公安机关在非法行医认定中也发挥着关键作用。当非法行医行为涉嫌犯罪时，就需要公安机关介入。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条规定，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的构成非法行医罪。公安机关会对涉嫌犯罪的非法行医行为进行立案侦查，通过收集相关证据，确定犯罪嫌疑人是否实施了非法行医行为以及是否达到了犯罪的标准。例如，对于因非法行医造成就诊人身体健康严重损害或者死亡等严重后果的情况，公安机关会展开深入调查，与卫生健康行政部门协作，全面查清事实真相。

司法机关（包括人民检察院和人民法院）在非法行医认定中也有着重要地位。人民检察院在审查起诉阶段，会对公安机关移送的非法行医案件进行审查，判断证据是否充分、犯罪事实是否清楚，决定是否提起公诉。人民法院则在审判阶段，根据法律规定和相关证据，对非法行医行为是否构成犯罪以及应承担的刑事责任作出最终裁决。在整个司法程序中，司法机关会依据严格的法律标准和证据规则，对非法行医行为进行准确认定和公正裁判。

法律依据：

《医疗机构管理条例》 第二十三条

任何单位或者个人，未取得《医疗机构执业许可证》或者未经备案，不得开展诊疗活动。

第二十六条

医疗机构必须按照核准登记或者备案的诊疗科目开展诊疗活动。

第二十七条

医疗机构不得使用非卫生技术人员从事医疗卫生技术工作。